[1] Magid, A.G. J. Med. Chem. 2009, 52, 2-9.
[2] Hamilton, M.; Dorsey, E.R.; Matheson, D.H. J. Am. Med. Assoc. 2005, 294, 1333-1342.
[3] Chen, K.X.; Jiang, H.L.; Ji, R.Y. Computer-Assisted Drug Design-Principles, Methods and Applications. Shanghai: Shanghai Science and Technology Press. 2000, 99-100.
[4] Shen, J.H.; Xu, X.Y.; Cheng, F. Curr. Med. Chem. 2003, 10, 2327-2342.
[5] Eckert, H.; Bajorath, J. Drug Discov. Today. 2007, 12, 225-233.
[6] Waszkowycz, B. Drug Discov. Today. 2008, 13, 219-226.
[7] Lyne, P.D. Drug Discov. Today. 2002, 7, 1047-1055.
[8] Li, H.L.; Shen, J.H.; Luo, X.M. Life Sci. 2005, 17, 125-131.
[9] Lengauer, T.; Lenmen, C.; Rarey, M. Drug Discov. Today. 2004, 9, 27-34.
[10] Zhou, Y.; Jiang, C.Y.; Zhang, Y.P.; Liang, Z.J.; Liu, W.F.; Wang, L.F.; Luo, C.; Zhong, T.T.; Sun, Y.; Zhao, L.X.; Xie, X.; Jiang, H.L.; Zhou, N.M.; Liu, D.X.; Liu, H. J. Med. Chem. 2010, 53, 5449-5466.
[11] Liu, H.; Gao, Z.B.; Yao, Z.Y.; Zheng, S.X.; Li, Y.; Zhu, W.L.; Tan, X.J.; Luo, X.M.; Shen, J.H.; Chen, K.X.; Hu, G.Y.; Jiang, H.L. J. Med. Chem. 2007, 50, 83-93.
[12] Li, H.L.; Huang, J.; Chen, L.L.; Liu, X.F.; Chen, T.; Zhu, J.; Lu, W.Q.; Shen, X.; Li, J.; Hilgenfeld, R.; Jiang, H.L. J. Med. Chem. 2009, 52, 4936-4940.
[13] Rogers, J.P. J. Med. Chem. 2006, 49, 1658-1667.
[14] Wheeler, A.P.; Ridley, A. J. Exp. Cell Res. 2004, 301, 43-49.
[15] Sander, E.E.; Collard, J.G. Eur. J. Cancer. 1999, 35, 1302-1308.
[16] Ridley, A. J. Trends Cell Biol. 2001, 11, 471-477.
[17] Deng, J.; Feng, E.; Ma, S.; Zhang, Y.; Liu, X.F.; Li, H.L.; Huang, H.; Zhu, J.; Zhu, W.L.; Shen, X.; Miao, L.Y.; Liu, H.; Jiang, H.L.; Li, J. J. Med. Chem. 2011, 54, 4508-4522.
[18] Feng, Y.; Ding, X.; Chen, T.; Chen, L.; Liu, F.; Jia, X.; Luo, X.M.; Shen, X.; Chen, K.X.; Jiang, H.L.; Wang, H.; Liu, H.; Liu, D.X. J. Med. Chem. 2010, 53, 3465-3479.
[19] Randhawa, R.; Cohen, P. Mol. Genet. Metab. 2005, 86, 84-90.
[20] Liu, X.F.; Xie, H.; Luo, C.; Tong, L.J.; Wang, Y.; Peng, T.; Ding, J.; Jiang, H.L; Li, H.L. J. Med. Chem. 2010, 53, 2661-2665.
[21] Maccoss, M.; Baillie, T.A. Science. 2004, 303, 1810-1813.
[22] Warren, J.R.; Marshall, B.J. Lancet. 1983, 1, 1273-1275.
[23] Marshall, B.J.; Warren, J.R. Lancet. 1984, 1, 1311-1315.
[24] Sander, J.O.; Philip, M.S. Can. Med. Assoc. J. 1994, 150, 177-185.
[25] Wilcox, C.M. Gastroenterology. 1997, 113, S85-S89.
[26] Pakodi, F.; Abdel-Salam, O.M.E.; Debreceni, A. J. Physiol (Paris). 2000, 94, 139-152.
[27] Konturek, J.W. J. Physiol. Pharmacol. 2003, 54, 23-41.
[28] Zhang, C.; Yamada, N.; Wu, Y.L.; Wen, M.; Matsuhisa, T.; Matsukura, N. World J. Gastroenterol. 2005, 11, 791-796.
[29] Zhang, L.; Liu, W.; Hu, T.; Du, L.; Luo, C.; Chen, K.X.; Shen, X.; Jiang, H.L. J. Biol. Chem. 2008, 283, 5370-5379.
[30] Zhang, L.; Liu, W.; Xiao, J.; Hu, T.; Chen, J.; Chen, K.X.; Jiang, H.L. Protein Sci. 2007, 16, 1184-1192.
[31] He, L.Y.; Zhang, L.; Liu, X.F.; Li, X.H.; Zheng, M.Y.; Li, H.L.; Yu, K.Q.; Chen, K.X.; Shen, X.; Jiang, H.L.; Liu, H. J. Med. Chem. 2009, 52, 2465-2481.
[32] Li, X.; Joseph, J.M.; Steve, A.K.; Ravi, G.K.; Jennifer, M.W.; Chad, J.W.; Janet, M.O.; Jill, E.S.; Steven, L.R. J. Med. Chem. 2011, 54, 1211-1222.
[33] Lewis, R.A.; Leach, A.R. J. Comput. Aided Mol. Des. 1994, 8, 467-475.
[34] Ni, S.S.; Yuan, Y.X.; Huang, J.; Mao, X.N.; Lv, M.S.; Zhu, J.; Shen, X.; Pei, F.J.; Lai, L.H.; Jiang, H.L.; Li, J. J. Med. Chem. 2009, 52, 5295-5298.
[35] Fan, F.; Zhu, J.; Ni, S.S.; Cheng, J.G.; Tang, Y.; Kang, C.; Li, J.; Jiang, H.L. QSAR Comb. Sci. 2009, 28, 183-193.
[36] Guichou, J.F.; Viaud, J.; Mettling, C.; Subra, G.; Lin, Y.L.; Chavanieu, A. J. Med. Chem. 2006, 49, 900-910.
[37] Sedrani, R.; Kallen, J.; Martin Cabrejas, L.M.; Papageorgiou, C.D.; Senia, F.; Rohrbach, S.; Wagner, D.; Thai, B.; Jutzi Eme, A.M.; France, J.; Oberer, L.; Rihs, G.; Zenke, G.; Wagner, J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3849-3859.
[38] Goodsell, D.S.; Morris, G.M.; Olson, A.J. J. Mol. Recognit. 1996, 9, 1-5.
[39] Herschhorn, A.; Lerman, L.; Weitman, M.; Gleenberg, I.O.; Hizi, A. J. Med. Chem. 2007, 50, 2370-2384.
[40] Corbett, J.W.; Ko, S.S.; Rodgers, J.D.; Jeffrey, S.; Bacheler, L.T.; Klabe, R.M.; Diamond, S.; Lai, C.M.; Rabel, S.R.; Saye, J.A.; Adams, S.P.; Trainor, G.L.; Anderson, P.S.; Erickson-Viitanen, S.K. Antimicrob. Agents Chemother. 1999, 43, 2893-2897.
[41] Ren, J.; Nichols, C.; Bird, L.; Chamberlain, P.; Weaver, K.; Short, S.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. J. Mol. Biol. 2001, 312, 795-805.
[42] Cerius2 ludi user guide; San Diego, CA, 2003.
[43] Jiang, C.; Yang, L.; Wu, W.T.; Guo, Q.L.; You, Q.D. Bioorg. Med. Chem. 2011, 19, 5612-5627.
[44] Marks, R.M.; Lu, H.; Sundaresan, R.; Toida, T.; Suzuki, A.; Imanari, T.; Hernáiz, M.J.; Linhardt, R.J. J. Med. Chem. 2001, 44, 2178-2187.
[45] Morens, D.M.; Fauci, A.S. J. Am. Med. Assoc. 2008, 299, 214-216.
[46] Deng, J.; Li, N.; Liu, H.C.; Zuo, Z.L.; Liew, O.W.; Xu, W.J.; Chen, G.; Tong, X.K.; Tang, W.; Zhu, J.; Zuo, J.P.; Jiang, H.L; Yang, C.G.; Li, J.; Zhu, W.L. J. Med. Chem. 2012, 55, 6278-6293.
[47] Yen, S.T.; Mohane, S.C.; Hui, Y.S.; Jang, Y.C.; Jing, P.L.; Paritosh, S.; Chun, W.C.; Chi, Y.C.; Ching, C.K.; Teng, K.Y.; Chin, Y.L.; Jian, S.W.; Su, Y.W.; Chun, C.L.; Hsing, P.H. J. Med. Chem. 2011, 54, 3076-3080.
[48] Jonas, B.; Kristina, B.; Thomas, E.; Peter, J.G.; Michael, W. Bioorg. Med. Chem. 2007, 15, 4077-4084.
[49] Chen, Z.; Wang, X.; Zhu, W.P.; Cao, X.W.; Tong, L.J.; Li, H.L.; Xie, H.; Xu, Y.F.; Tan, S.Y.; Kuang, D.; Ding, J.; Qian, X.H. J. Med. Chem. 2011, 54, 3732-3745.
[50] Muller, P.; Lena, G.; Boilard, E.; Bezzine, S.; Lambeau, G.; Guichard, G.; Rognan, D. J. Med. Chem. 2006, 49, 6768-6778.
[51] Cai, J.H.; Han, C.; Hu, T.C.; Zhang, J.; Wu, D.L.; Wang, F.D.; Liu, Y.Q.; Ding, J.P.; Chen, K.X.; Yue, J.M.; Shen, X.; Jiang, H.L. Protein Sci. 2006, 15, 2071-2081.
[52] Li, A.; Segall, M. Drug Discov. Today. 2002, 7, 25-27.
[53] Nassar, A.; Talaat, T. Drug Discov. Today. 2004, 9, 317-327.
[54] Deng, G.; Sanyal, G.J. Pharm. Biomed. Anal. 2006, 40, 528-538.
[55] Westerink, W.; Stevenson, J.; Lauwers, A.; Griffioen, G.; Horbach, G.; Schoonen, W. Mutat. Res. Gen. Tox. En. 2009, 676, 113-130.
[56] Aboagye, E.; Price, P.; Jones, T. Drug Discov. Today. 2001, 6, 293-302.
[57] Metrangolo, P.; Neukirch, H.; Pilati, T.; Resnati, G. Acc. Chem. Res. 2005, 38, 386-395.
[58] Cavallo, G.; Metrangolo, P.; Pilati, T.; Resnati, G.; Sansotera, M.; Terraneo, G. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 3772-3783.
[59] Xu, Z.J.; Liu, Z.; Chen, T.; Chen, T.T.; Wang, Z.; Tian, G.H.; Shi, J.; Wang, X.L.; Lu, Y.X.; Yan, X.H.; Wang, G.; Jiang, H.L.; Chen, K.X.; Wang, S.D.; Xu, Y.C.; Shen, J.S.; Zhu, W.L. J. Med. Chem. 2011, 54, 5607-5611.
[60] Green, S.; Walter, P.; Kumar, V.; Krust, A.; Bornert, J.M.; Argos, P.; Chambon, P. Nature. 1986, 320, 134-139.
[61] Zeng, J.; Li, W.H.; Zhao, Y.X.; Liu, G.X.; Tang, Y.; Jiang, H.L. J. Phys. Chem. B. 2008, 112, 2719-2726.
[62] Shen, J.; Li, W.H.; Liu, G.X.; Tang, Y.; Jiang, H.L. J. Phys. Chem. B. 2009, 113, 10436-10444.
[63] Fang, J.; Shen, J.; Cheng, F.X.; Xu, Z.J.; Liu, G.X.; Tang, Y. Mol. Inform. 2011, 30, 539-549.
[64] Ekins, S.; Rose, J. J. Mol. Graph. Model. 2002, 20, 305-309.
[65] Ekins, S.; Waller, C.; Swaan, P.; Cruciani, G.; Wrighton, S.; Wikel, J. J. Pharmacol. Toxicol. Methods. 2000, 44, 251-272.
[66] Selick, H.; Beresford, A.; Tarbit, M. Drug Discov. Today. 2002, 7, 109-116.
[67] Dimasi, J.A. Clin. Pharmacol. Ther. 2001, 69, 297-307.
[68] Butina, D.; Segall, M.; Frankcombe, D. Drug Discov. Today. 2002, 7, 83-88.
[69] Kola, I.; Landis, J. Nat. Rev. Drug Discov. 2004, 3, 711-715.
[70] Hou, T.; Wang, J.; Zhang, W.; Xu, X. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 460-463.
[71] Lipinski, C.; Lombardo, F.; Dominy, B.; Feeney, P. Adv. Drug Deliv. Rev. 1997, 23, 3-25.
[72] Chen, T.; Benmohamed, R.; Kim, J.; Smith, K.; Amante, D.; Morimoto, R.; Kirsch, D.; Ferrante, R.; Silverman, R. J. Med. Chem. 2012, 55, 515−527.
[73] Tarcsay, A.; Nyíri, K.; Keseru, G. J. Med. Chem. 2012, 55, 1252−1260.
[74] Chen, L.; Li, Y.; Zhao, Q.; Peng, H.; Hou, T. Mol. Pharmaceut. 2011, 8, 889-900.
[75] Berellini, G.; Springer, C.; Waters, N.; Lombardo, F. J. Med. Chem. 2009, 52, 4488-4495.
[76] Ottaviani, G.; Martel, S.; Carrupt, P. J. Med. Chem. 2007, 50, 742-748.
[77] Gleeson, M.; Waters, N.; Paine, S.; Davis, A. J. Med. Chem. 2006, 49, 1953-1963.
[78] Young, R.C.; Mitchell, R.C.; Brown, T.H.; Ganellin, C.R.; Griffiths, R.; Jones, M.; Rana, K.K.; Saunders, D.; Smith, I.R.; Sore, N.E. J. Med. Chem. 1988, 31, 656-671.
[79] Luco, J.M. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999, 39, 396-404.
[80] Adenot, M.; Lahana, R. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 239-248.
[81] Hou, T.; Wang, J.; Zhang, W.; Xu, X. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 208-218.
[82] Shen, J.; Du, Y.P.; Zhao, Y.X.; Liu, G.X.; Tang, Y. QSAR Comb. Sci. 2008, 27, 704-717.
[83] Garg, P.; Verma, J. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46, 289-297.
[84] Jung, E.; Kim, J.; Kim, M.; Jung, D.H.; Rhee, H.; Shin, J.M.; Choi, K.; Kang, S.K.; Kim, M.K.; Yun, C.H.; Choi, Y.J.; Choi, S.H. BMC Bioinformatics. 2007, 8, 245.
[85] Zhao, Y.H.; Abraham, M.H.; Ibrahim, A.; Fish, P.V.; Cole, S.; Lewis, M.L.; de Groot, M.J.; Reynolds, D.P. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 170-175.
[86] Zhang, L.; Zhu, H.; Oprea, T.I.; Golbraikh, A.; Tropsha, A. Pharm. Res. 2008, 25, 1902-1914.
[87] Li, H.; Yap, C.W.; Ung, C.Y.; Xue, Y.; Cao, Z.W.; Chen, Y.Z. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 1376-1384.
[88] Hou, T.; Wang, J.; Li, Y. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 2408-2415.
[89] Shen, J.; Cheng, F.X.; Xu, Y.; Li, W.H.; Tang, Y. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 1034-1041.
[90] Shen, J.; Du, Y.P.; Zhao, Y.; Liu, G.X.; Tang, Y. QSAR Comb. Sci. 2008, 27, 704-717.
[91] Lazarou, J.; Pomeranz, B.H.; Corey, P.N. J. Am. Med. Assoc. 1998, 279, 1200-1205.
[92] Zhang, L.; Zhang, Y.; Huang, S. Mol. Pharmaceut. 2009, 6, 1766-1774.
[93] Lasser, K; Allen, P.; Woolhandler, S.; Himmelstein, D.; Wolfe, S.; Bor, D. J. Am. Med. Assoc. 2002, 287, 2215-2220.
[94] Li, W.H.; Ode, H.; Hoshino, T.; Liu, H.; Tang, Y.; Jiang, H.L. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1411-1420.
[95] Cheng, F.X.; Yu, Y.; Zhou, Y.D.; Shen, Z.H.; Xiao, W.; Liu, G.X.; Li, W.H.; Lee, P.; Tang, Y. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 2482-2495.
[96] Cheng, F.X.; Yu, Y.; Shen, J.; Yang, L.; Li, W.H.; Liu, G.X.; Lee, P.; Tang, Y. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 996-1011.
[97] Luis, G.; Valerio, Jr. Toxicol. Appl. Pharmacol. 2009, 241, 356-370.
[98] Hou, T.; Wang, J.; Li, Y. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 2408-2415.
[99] Chen, Y.; Ung, C. J. Mol. Graph. Model. 2001, 20, 199-218.
[100] LaPlante, S.; Fader, L.; Fandrick, K.; Fandrick, D.; Hucke, O.; Kemper, R.; Miller, S.; Edwards, P. J. Med. Chem. 2011, 54, 7005-7022.
[101] Cheng, F.X.; Shen, J.; Yu, Y.; Li, W.H.; Liu, G.X.; Lee, P.; Tang, Y. Chemosphere. 2011, 82, 1636-1643.